O maim tem a capacidade de criar mascaramento localizado (ele foi criado para substituir o scrot pelas razões que você descreve, assim como outras).
Acabei de adicionar um segundo monitor (maior) à minha caixa do Ubuntu, quando faço uma captura de tela em várias telas com (por exemplo) scrot
ou xfce4-screenshooter
recebo lixo no canto que normalmente não é visto:
Observe o lixo embaralhado de uma página da Web visualizada anteriormente.
O Google Desktop usa Openbox, Nitrogen e LXpanel. Este não é (ou não deveria, eu não testei o Debian) específico para o Ubuntu.
Como posso tirar uma captura de tela sem o lixo do canto?
O maim tem a capacidade de criar mascaramento localizado (ele foi criado para substituir o scrot pelas razões que você descreve, assim como outras).