Bash anexado ao arquivo, removido durante a execução. Isso pode ser corrigido?

Question

Acabei de perceber que algo estúpido (meu lado) aconteceu. Atualmente, estou executando vários programas em várias máquinas ao anexar sua saída.

Por exemplo machine01 está em execução "./calc 1 > > calc_one.txt", machine02 está executando "./calc 2 > > calc_two.txt" etc.

Esses cálculos são longos e acabei de descobrir que algo chato aconteceu. Estou usando o git e estava executando esses programas em várias máquinas. Eu escrevi um novo modo do meu programa e liguei para executá-lo em machine03.

Como estou usando o git, concluí que foi salvo para remover os arquivos .txt no diretório.

Acabei de perceber que as máquinas compartilham um diretório. Então, eu removi "calc_one.txt" e "calc_two.txt", ao qual a saída está sendo anexada.

Agora, os programas são de tal forma que eles só imprimem a saída no fim . No programa há um grande número de threads (OMP) e estes geram resultados (vetor C ++) que são impressos depois que todos os threads terminam.

Como tal, o fluxo ainda está chegando. Mas uma experiência com o BASH e "sleep" indica que a substituição do arquivo .txt não o fará anexar ao novo arquivo. Há algo que eu possa fazer ou fazer? Preciso começar essas simulações do zero?

Meus sinceros agradecimentos por sua ajuda, Daimonie

PS: O sistema é fedora. Eu não tenho privilégios administrativos.

    

Answer 1

1. Obtenha o PID do processo. Por exemplo:

pgrep calc

2. Encontre arquivos apagados. Por exemplo:

find /proc/12345/fd -ls | grep '(deleted)'
# or (no pid)
lsof | grep calc_one.txt
# ...
lsof -p 12345

3. a) Copie o arquivo, (do resultado anterior, aqui 3 ). Um instantâneo:

cp /proc/12345/fd/3 mycopy1.txt

3. b) Novo arquivo anexado:

tail -c +0 -f /proc/12345/fd/3 > mycopy2.txt

Onde:

-c +K , bytes de saída que começam com o Kth. Como queremos arquivo inteiro, dizemos +0
-f    , Siga. Saída de dados anexados conforme o arquivo cresce.