Parece que resolvi meu problema. Eu tentei lançar o nautilus no konsole e ele caiu com a mesma mensagem que eu coloquei no meu comentário. Então eu lancei o nautilus usando o krunner e desta vez, funcionou, e eu pude ejetar o dispositivo usb. Agora a solução para o problema é configurar a montagem automática no KDE (eu fiz isso através do applet de notificação de novo dispositivo). Uma vez que a montagem automática é autorizada no KDE, ela parece ter prioridade sobre o gnome, e você pode manipular dispositivos do golfinho.