Você pode tentar jogar com ganchos. Aqui está um exemplo que fiz para duas sessões,
set-hook -g after-new-session 'if -F "#{==:#{session_name},emacs}" "source ~/.tmux/.tmux.conf.emacs" "source ~/.tmux/.tmux.conf.amos"'
set-hook -g after-new-window 'if -F "#{==:#{session_name},emacs}" "source ~/.tmux/.tmux.conf.emacs" "source ~/.tmux/.tmux.conf.amos"'
Esteja ciente de que after-new-window
hook é necessário.
Você pode encontrar toda a minha configuração no github .