TL; DR: A mensagem significa que as tabelas da ACPI no BIOS estão com bugs. Uma atualização do BIOS pode ajudar.
PNP0501 é o código Plug & Play para "porta COM compatível com 16550A". :00 significa o primeiro dispositivo deste tipo, conforme encontrado na tabela DSDT da ACPI.
A mensagem de erro Still not present significa que a BIOS informou ao SO que o status do dispositivo mudou, mas ao tentar configurá-lo, o kernel notou que ainda não está disponível.
Em suma
acpi PNP0501:00: Still not present
traduz aproximadamente para
"A ACPI disse que há uma porta COM nesta placa-mãe, e ela disse que seu status mudou, então como ela não estava disponível antes, ela deve estar disponível agora, mas não está."
É um aviso inofensivo, mas uma solução de problemas ainda maior pode ser possível usando o mecanismo de depuração Linux ACPI e substituição do DSDT ou personalização de métodos .