O PATH padrão está definido em /etc/profile . Os usuários podem modificar seus PATH editando ~/.profile , ~/.bash_profile ou ~/.bashrc (se estiverem executando bash ), mas, se não tiverem, ainda terão PATH , conforme definido em /etc/profile . É por isso que a linha foi
PATH=$PATH:$HOME/bin
e não apenas
PATH=$HOME/bin
Dessa forma, o valor original de PATH é mantido e o novo diretório é simplesmente anexado. No meu sistema, o PATH definido em /etc/profile é
PATH="/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/local/games:/usr/games"
Você provavelmente tem uma linha muito parecida na sua e que é de onde /usr/bin vem.