É provável que essa solução usando dumpkeys, loadkeys e showkey funcione em outras instâncias de teclas de função, sendo interpretadas de formas inesperadas por programas em execução no Linux Virtual Console.
Encontre o código-chave da combinação de teclas ou chaves que está causando problemas ao executar:
$ sudo showkey
... e apertar a tecla. Na minha instância, acertar Fn deu a saída 143.
Para impedir que Fn seja interpretado como algo pelos programas no console, adicione este /etc/rc.local:
(dumpkeys | grep keymaps; echo "keycode 143 =") | loadkeys
143 deve, naturalmente, ser substituído pelo código de tecla da chave relevante em questão. Eu também tive um problema com Fn + LeftArrow (significou para baixar o volume) produzindo um til, então eu peguei o código para aquele combo também, e coloquei outra linha para que em /etc/rc.local.
Note que isto não impede o comportamento normal das funções Fn (mudança de volume, brilho, etc.), ele apenas impede que as teclas de função sejam interpretadas como algo por programas como o emacs.