ssh-copy-id basicamente copia o keyfile (ou identity , ou chave pública) local para o servidor remoto, para que você possa editar seu keyfile e adicionar o que quiser nele.
Edite seu keyfile e adicione o que você deseja:
# # Name of the person ssh-rsa NF username@host
Agora, quando você executar ssh-copy-id -i keyfile <host> , essas linhas serão anexadas ao .ssh/authorized_keys do servidor remoto.