Ok, depois de uma extensa pesquisa, recompilando meu kernel e criando outro convidado apenas para testar isso, concluo:
O erro de inicialização é completamente normal e pode ser ignorado com segurança.
Em xen, os relógios do convidado são sincronizados com o domínio hwclock e normalmente não podem ser alterados. Todos os domUs dirão "nenhum relógio utilizável encontrado".