Eu tenho o mesmo problema. Eu acho que equivs foi construído para criar pacotes muito simples. Não pacotes com uma estrutura de diretório de origem mais profunda.
Como solução alternativa, "consertei" o script perl de equivs-build da seguinte forma:
/usr/bin/equivs-build
(em torno da linha 70):
die "Cannot parse Files line: '$_'\n" unless m:^\s*(\S+)\s+(\S+)/?\s*$:;
#$install_files{"$2/$1"} = $1;
$install_files{"$2"} = $1; # do not append source path to target path
Agora você especifica caminhos completos de origem e de destino com nome de arquivo no arquivo de controle. Ou seja,
Files: opt/sounds/test.wav /opt/sounds/test.wav
opt/sounds/test4.wav /opt/sounds/default.wav
Por esse método, você pode usar uma estrutura de diretórios de origem profunda arbitrária. Como benefício, você também pode especificar um nome de arquivo de destino diferente, se necessário.
Espero que ajude.