Se eu entendi seus requisitos corretamente, provavelmente a solução mais fácil é arrancar (colar) o nome do arquivo copiado no início do mini buffer antes executar o kill-to-end-of-line. em vez de Ctrl + a Ctrl + k , do Ctrl + a Ctrl + y Ctrl + k . Você poderia substituir o Ctrl + y por um clique com o botão direito do mouse no mesmo ponto, se preferir usar o mouse.
Como alternativa, de acordo com essa resposta do stackoverflow delete (NÃO elimine) uma linha no emacs , deve ser possível adicionar automaticamente -copied text to the emacs kill-ring adicionando
(setq save-interprogram-paste-before-kill t)
para sua configuração do emacs - isto deve tornar o nome do arquivo disponível para o yanking rolando de volta através do kill ring usando Meta + y