Primeiro vou tentar remover o pdfchain:
sudo apt-get purge pdfchain
e verifique. Se isso não funcionar, tente reinstalá-lo com e purge config também:
sudo apt-get remove pdfchain
sudo apt-get purge pdfchain
Em seguida, instale-o:
sudo add-apt-repository ppa:pdfchain-team/ppa
sudo apt-get update
sudo apt-get install pdfchain
Diga-me se funciona. Se não, você pode tentar depurar o pdgchain com o gdb, por exemplo.