Acho que o seu problema é o que discutimos nos comentários da sua pergunta, especificamente uma alteração feita entre o IM 6.6.X e o 6.7+. Seus comandos funcionaram para mim no Fedora 14 e no CentOS 5 & 6, mas não no Ubuntu 12.10.
- F14 (6.6.4-1 2011-11-03 Q16) - trabalhado
- CentOS 6 (6.5.4-7 2012-05-07 Q16) - trabalhado
- O Ubuntu 12.10 (6.7.7-10 2012-08-17 Q16) não funcionou
Encontrei este bit na documentação do IM, intitulada: ImageMagick v6 Examples - Noções Básicas de Cores e Canais . Esta sinopse é o que chamou minha atenção na seção: "Substituindo cores nas imagens":
However as of IM v6.2.7, this operator is limited by the "-channel" setting. As such, to convert a color (say blue) to transparency, you will need to specify a "-channel" to include the alpha channel to make colors transparent. You will also need to ensure the image has a 'matte' or alpha channel enabled, to hold the transparency information.
Com essa nova informação, converti seu 6º comando para este:
$ convert traffic2.png -transparent "rgb(0,0,255)" traffic2.png
E parece ter funcionado. O OP confirmou que isso resolveu seu problema!
comando antigo
novocomando