Como você está instalando em locais não padrão, é necessário informar a cada script configure onde encontrar as coisas. ./configure --help deve dar uma indicação da opção apropriada; para libgcrypt você executaria
./configure --prefix=/local/gpg2 --with-libgpg-error-prefix=/local/gpg2
Só que devido a um erro no script libgcrypt configure , apenas --with-gpg-error-prefix funciona, então você precisa executar
./configure --prefix=/local/gpg2 --with-gpg-error-prefix=/local/gpg2
O bug já está corrigido no repositório do upstream; é # 1467 .