Probabilidades sem fim aqui. Arquivo obsoleto durará um longo tempo, pois há um programa usando esse arquivo / diretório. Depende de como você 'começa' o trabalho todos os dias, como a rede é organizada.
Um problema que vejo diretamente na sua pergunta é que 'killall -u user' não mataria todos os processos do usuário. Você deve usar (no bash) 'killall -9 -u user & disown 'e verifique se o shell que você usou realmente sair. Pode haver outros usuários usando seus arquivos (você deve ter usado 'lsof' para descobrir isso).