Eu sou o desenvolvedor do Kate que implementou o sistema de modificação de linha . A partir de agora, o recurso para pular para linhas modificadas não é implementado. Se você gostaria de ver este recurso em futuras versões do Kate, por favor, vote no desejo .
Quanto à segunda parte da sua pergunta: as marcas da barra de rolagem são para marcadores (Ctrl + B) e Search & Substitua os destaques. Isso não está relacionado ao sistema de modificação de linha.
Como nota: Desde o KDE 4.10, o Kate tem um mini mapa que pode ser ativado em vez da barra de rolagem através de Settings
> Configure Kate
> Appearance
> Borders
> %código%. Este minimapa também mostrará os marcadores de modificação de linha, para que você possa facilmente pular para o local desejado com o mouse.