Como don_crissti sugerido , estava faltando a chave WMCLASS dentro minha entrada no .desktop. Sem isso, o DM (aqui beign Gnome3.6) não conseguiu combinar as janelas com a entrada de menu especificada. O ativador agora agrupa todas as instâncias subsequentes do Eclipse agora.
Pelo que li sobre a especificação do arquivo .desktop, aqui , é que a chave extra opcional especificada durante o processo de inicialização fornece um identificador para corresponder a outras janelas de nível superior (pai?) associadas com:
WMCLASS
a string to match against the "resource name" or "resource class" hints. If this key is present, the launchee will most likely not send a "remove" message on its own. If the desktop environment detects a toplevel window mapped with this name or class, it should send a "remove" message for the startup sequence.
E mais adiante no documento:
StartupWMClass=STRING
If true, it is KNOWN that the application will map at least one window with the given string as its WM class or WM name hint.