Este é um recurso (não) realmente muito ruim do KDE. ~/.config e ~./local , na verdade, não tem nada a ver com isso - são coisas de hierarquia de sistema de arquivos padrão XDG usadas por vários aplicativos independentes, não pelo KDE.
Após a instalação, saia do X (para que o KDE não esteja em execução) e tente copiar apenas seu antigo ~/.kde/share/config in e reinicie o X.
Se você tiver dificuldade em parar o X por causa do XDM e dos serviços do sistema, você pode tentar fazê-lo em um VT enquanto o KDE ainda está carregado, mas não volte para o X do VT - mate-o na linha de comando para forçar um reinício (ou simplesmente halt e reiniciar).