Existe um aplicativo chamado libetc que tenta lidar com esse problema:
It is a LD_PRELOAD-able shared library that intercepts file operations: if a program tries to open a dotfile in $HOME, it is redirected to $XDG_CONFIG_HOME (as defined by freedesktop).
You can then store all your config files in $XDG_CONFIG_HOME instead of using zillions dotfiles in $HOME
Ele não é atualizado há algum tempo e pode causar efeitos colaterais indesejados, portanto, use com cautela. Há uma página no Arch Wiki e um pacote AUR.