Você deseja usar pam_usb .
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Para atender às minhas necessidades de segurança, configurei uma senha de usuário bastante longa no meu notebook. Mas quando estou em casa ou em outro local seguro, digitá-lo é complicado.
Seria bom deixar o gdm (ou: mdm, já que estou usando o Mint 13 com o Mate) procurar por um arquivo específico (em um pendrive), e quando estiver presente, tratar é como um token de segurança e log em mim automaticamente com isso.
Eu uso pastas pessoais criptografadas.