Eu dei uma olhada rápida e parece que há um bug no GRUB2 que causa problemas ao inicializar partições NTFS ( fonte ):
It seems the newer kernels (2.6.31-19 and up) and Grub2 had a strange incompatibility when trying to boot from NTFS. In this write-up, they mention that the cause of the problem is:
To be able to boot Wubi, Grub2 has to access the ntfs partition which is hosting Wubi. There is a bug in Grub 2, which prevents Grub2 to read any files on an ntfs partition beyond the first 4GB. If any of the boot files is outside of the 4GB limit, booting will fail. Depending on which boot file is outside the limit, the symptoms can be quite different. Since any kernel or Grub update relocates some of the boot files, you might be hit by this bug at any time.
Então, como consertamos isso? Na verdade é muito fácil. Tudo que você precisa fazer é baixe um novo arquivo Wubildr que corrija o problema aqui . (Você pode fazer isso com segurança a partir do Windows, se você não puder inicializar no Linux). Em seguida, copie esse arquivo para a unidade c: \ do Windows, sobrescrevendo arquivo wubildr defeituoso que estava lá.
Eu não tentei por mim mesmo, pois não uso o wubi, mas parece funcionar. Boa sorte.
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