Acredito que você está usando um espelho que está fora de sincronia.
Os pacotes p11-kit , vim-runtime foram atualizados em 2012-04-01 e 2012-04-10, respectivamente. O pacote nvidia foi atualizado hoje (2012-04-11), então tudo que você precisa fazer é esperar um pouco.
É interessante que você tenha um pacote linux versão 3.3 e um pacote gvim de 2012-04-10. Você alterou os repositórios (desabilitados testing ) ou os espelhos recentemente?
Você pode querer usar a mirrorlist ou updater updater para encontrar um espelho atualizado perto de você. Isso provavelmente também repararia seu arquivo extra db.