Eu não sei muito sobre o funtoo, mas presumo que seja semelhante ao Gentoo.
O principal problema que você enfrentará é que os repositórios do gentoo / funtoo quase nunca armazenam os códigos-fonte, apenas os metadados (que informam onde fazer o download). Uma vez offline, se você não tiver os códigos-fonte, não será possível instalar o programa
Felizmente, o portage permite buscar um código fonte do programa (ou dados) via emerge -f <package> , então, usando isso, você pode buscar os dados de cada ebuilds. Isso vai exigir muito espaço e muito tempo, mas aqui está como você pode ir:
cd /usr/portage
# for every ebuild, convert its path into a valid atom name
find . -iname "*.ebuild" | sed -e 's_\./\([^/]\+\)/\([^/]\+\)/\(.*\).ebuild$_=/_g' > /tmp/all_ebuilds
# for every line of the file, start fetching the source code (or the data)
while read package; do emerge -f "$package"; done < /tmp/all_ebuilds
Esta não é uma solução completa, mas espero que você tenha uma ideia de como fazer isso.