Ninguém poderá excluir ../documents/templates se contiver qualquer outra coisa. Assim, você poderia criar um subdiretório ../documents/templates/.hidden , com 000 permissões e colocar um arquivo vazio dentro dele (bem, antes definindo as permissões 000 , obviamente). Então rmdir ../documents/templates falhará, assim como rmdir ../documents/templates/.hidden .
Editar: para emprestar de outra resposta que foi excluída, se você for superusuário, poderá fazer isso em vez disso, o que é um pouco mais simples:
cd ../documents/templates
touch .locked
chattr +i .locked
( chattr precisa ser executado como superusuário.)