Se bem me lembro, o GNOME não manipula a transparência corretamente se o plano de fundo for um pixmap. É possível que o tema que você está usando use um pixmap para preencher o plano de fundo e, como tal, ele não está funcionando como esperado.
Se esse for o problema, a solução para esse problema seria comentar todas as instâncias de bg_pixmap
no seu .gtkrc
e, em seguida, reiniciar o painel. ed
ou ex
pode fazer isso por você assim:
ed -s .gtkrc << EOF
g/^bg_pixmap/s//#bg_pixmap/g
w
q
EOF
pkill '^gnome-panel'
Eu não estou executando o GNOME, então não posso testar isso, mas deve funcionar.