Capture a saída de ps -eo pid,cmd
em um arquivo e, em seguida, elimine a janela incorreta, repita o ps
e veja o que mudou:
ps -eo pid,cmd >/tmp/ps1
ID='xwininfo | grep -oP "0x[0-9a-fA-F]{4,8} "'; xkill -id $ID
ps -eo pid,cmd >/tmp/ps2
diff /tmp/ps{1,2}
Um tipo de método de força bruta, mas deve funcionar.