Eu sugiro que você use gtk-chtheme para definir as opções do GTK2, e qt-config (parte do Qt ) para definir as opções do Qt. O KDE usará o tema do Qt se você não tiver definido mais nada, mas você deve ser capaz de executar kcontrol e definir um tema / fontes, etc., se quiser.
O GNOME salva sua configuração em seu pequeno registro. O KDE salva no formato Qt .ini, sob ~ / .kde / em algum lugar - não se lembra ou desenterra no momento.
Os ambientes GNOME e KDE contam com daemons em execução em segundo plano. Você pode iniciar os serviços GNOME / KDE você mesmo no momento do login, ou apenas deixá-los iniciar quando um aplicativo precisar deles. gnome-settings-daemon é o GNOME, não tenho certeza se você precisa iniciar qualquer daemons do KDE, exceto ter o dbus disponível.