Geralmente, você pode adicionar um argumento -geometry para especificar o tamanho que uma janela deve ter na linha de comando, mas ONDE ele é colocado depende do gerenciador de janelas. O programa em si pode solicitar isso, mas geralmente não há argumento de linha de comando para onde enviá-lo. Você pode buscar a ID da janela e usar outro utilitário X para solicitar uma veiculação ou pode ensinar seu gerenciador de janelas a reconhecer essa janela e colocá-la em um determinado local. Os gerenciadores de janelas se reservam o direito de colocar as coisas onde quer que estejam, as coisas que os programas pedem são usadas apenas como dicas.