Eu diria que se você quiser que alguns arquivos de configuração permaneçam como estão e outros não, isso depende inteiramente do que você quer manter e do que não quer. Eu geralmente gosto de fazer uma instalação completa limpa cada vez que eu atualizar, e geralmente o que eu faço é criar cópias de backup de todos os meus arquivos de configuração com um script bash simples (geralmente eu remover o '.', Para que eu possa trabalhar com mais facilmente).
Em seguida, salve um backup de seus outros arquivos (geralmente o que eu faço é ssh tudo em outro computador ou copie para um disco rígido externo.
Em seguida, exclua todos os arquivos de ponto, instale sua distro atualizada e, em seguida, todas as configurações que você não tiver, comece a analisar como você configurou as coisas antes.