Você pode instalar os arquivos de inicialização na unidade USB e usá-los para inicialização regular toda vez. Isso permitiria que você tivesse o disco completo criptografado.
A unidade USB pode ser desmontada depois que o kernel é carregado. Ele precisaria ser montado somente durante as atualizações do kernel (novo kernel instalado na unidade) ou alterações de configuração de inicialização. Alternativamente, você poderia manter uma partição de inicialização criptografada em seu sistema que você sincroniza manualmente com o disco USB. Isso também permitiria uma recuperação fácil caso a unidade USB seja danificada ou perdida.