Você sempre pode executar o mesmo rsync novamente, desta vez redirecionando stderr para um log. Isso teria o possível benefício adicional de recuperar com êxito alguns dos arquivos corrompidos (muitas vezes, os erros de leitura degradantes da unidade de disco rígido serão intermitentes e tentativas repetidas de ler uma única área poderão recuperar dados mesmo após a primeira falha).
Como alternativa, você pode emitir algo como find /mnt/corrupted >~/corrupted_list e, em seguida, verificar se há arquivos ausentes no espelho rsync'd.