Sim, como é visível o manual do comando swapon , ele tem uma opção de descarte. Não teria sentido se a troca de linux não suportasse isso. Claro que o dispositivo subjacente deve suportar o corte.
A pergunta aparece se quisermos usar uma partição swap em uma unidade SSD. Eu acho que seria melhor (para o SSD) se o espaço de troca desalocado pudesse ser aparado, porque aparar os blocos não usados permite que a eletrônica SSD subjacente o ajuste usar nivelamento .
O Google parece silencioso sobre o assunto.
Alternativamente, um comando regular blkdiscard (e recriando o espaço de troca com mkswap) seria uma solução viável, embora fosse sub-ótima.