Até onde eu sei, strace output modprobe confiam cegamente no que modules.builtin.bin diz que é interno. Se esse arquivo estiver fora de sincronia com seu kernel real, espero que modprobe retorne o sucesso, mesmo que o módulo não esteja lá.
Através de /proc você pode descobrir se o driver está realmente carregado. Este é um driver misc , então você precisa procurar em dois locais.
Em /proc/devices , você encontrará duas seções listando dispositivos de caractere e dispositivos de bloco. Você deve encontrar este dispositivo de caracteres:
10 misc
Em seguida, procure em /proc/misc pelo menor número de cada driver. Você deve procurar por isso:
200 tun
Se você achar que o driver misc está presente, mas tun está faltando em /proc/misc , provavelmente o seu arquivo modules.builtin.bin não corresponde ao kernel que você está executando.