Eu descobri como fazer isso, finalmente, usando setxkbmap
.
setxkbmap -model thinkpad60 -layout us -variant int -option altwin:swap_alt_win
Você pode encontrar as opções pré-mapeadas em /usr/share/X11/xkb/rules/evdev.lst
Você precisará adicionar isso ao seu arquivo de inicialização porque o comando dura apenas o tempo que a sessão em que você o executa.