Depois de pesquisar "em todos os lugares", encontrei uma postagem no fórum do archlinux em abril de 2015:
Os seguintes css
precisam ser colocados em ~/.config/gtk-3.0/gtk.css
.header-bar.default-decoration {
padding-top: 3px;
padding-bottom: 3px;
}
.header-bar.default-decoration .button.titlebutton {
padding-top: 2px;
padding-bottom: 2px;
}
Mudei paddings para 1px
e agora está ótimo!
Nota: Meu palpite estava certo! é css relacionado