Você pode passar opções para notify-send
para torná-lo menos invasivo, por exemplo notify-send -u low -t 500
para mostrar a mensagem por apenas ½s.
Eu não sei o que você quer dizer com "ocupado"; a aparência visual de uma notificação é determinada pelo lado do destinatário. Se você não gostar do fornecido pelo Gnome, acho que pode mudá-lo (por exemplo, para xfce4-notifyd
, que acho que não pode ser descrito como "ocupado").