Encontrei um problema semelhante e isso foi causado por /usr/bin/gnome-keyring-daemon
.
Para ser mais preciso:
Depois de tentar várias coisas para evitar que o Linux Mint 17 salvasse as senhas nas minhas chaves SSH, fiquei frustrado e substituí o /usr/bin/gnome-keyring-daemon
por um link simbólico para /bin/false
.
Isso fez com que o NetworkManager esquecesse todas as minhas senhas de VPN e tornava impossível salvar senhas de VPN com o NetworkManager.
Portanto, eu investigaria o chaveiro gnome.
Note que o gnome-keyring possui alguns arquivos de configuração em /etc/xdg/autostart/
.