Você joga fora peças do seu carro quando não sabe o que elas fazem? Não? Então não faça a mesma coisa com o seu sistema de arquivos.
O custo de um arquivo que não é usado costuma ser insignificante, especialmente se comparado ao custo de perder um arquivo necessário. Apenas considere excluir arquivos potencialmente supérfluos se houver um grande número deles (centenas não é um número grande) ou se forem muito grandes (proporção significativa de seu armazenamento ou espaço de backup).
.gimp-2.4
provavelmente é seguro para excluir se você não usar mais essa versão do Gimp. É normal ter alguns diretórios do Gnome se você não usar o Gnome como gerenciador de janelas (o mesmo vale para o KDE e qualquer outro kit de ferramentas GUI): o Gnome também é um kit de ferramentas GUI e qualquer aplicativo que use esse kit de ferramentas pode usar o .gnome*
diretórios.
Se você realmente quiser excluir um arquivo, renomeie-o e aguarde algumas semanas. Se nada tiver quebrado, remova o arquivo (mas certifique-se de ter backups).