Aqui está um script para fazer isso, que funciona no exemplo do comentário de Marco.
Faz uso de pdftk
.
#!/bin/sh
PAGES=$(pdftk $1 dump_data |
grep PageLabelNewIndex |
cut -d' ' -f2 |
xargs -n1 expr -1 + |
tail -n+2 |
tr '\n' ' ');
# Add last page
PAGES="${PAGES} $(pdftk $1 dump_data |
grep NumberOfPages |
cut -d' ' -f2)";
pdftk $1 cat ${PAGES} output $2
Dê o arquivo de entrada como o primeiro parâmetro e um nome de arquivo de saída como o segundo parâmetro.