Alterar
f=cat ftpfiles.txt | grep .gz | awk '{print $9,$5}'
para:
f='cat ftpfiles.txt | grep .gz | awk '{print $9,$5}''
Isso consertará a parte "Isso não funciona" do seu script.
Alterar:
fiesize2=aws s3 ls s3://folder1/folder2/$f | awk '{print $3}'
para
file2size='aws s3 ls s3://folder1/folder2/$f | awk '{print $3}''
(Observe que, além das marcas de aspas, o nome da variável original está errado aqui - fiesize2
comparar com file2size
)