A CPU inativa por si só não é um problema. Seria potencialmente um problema se você estivesse percebendo um problema de desempenho em que não estivesse utilizando CPU suficiente para lidar com a carga em um momento oportuno.
Além disso, o armazenamento em cache mais bem projetado segue um padrão em que ele ocupa mais CPU no início, mas depois de um tempo a carga da CPU diminui e ela se torna mais uma pegada de memória. Portanto, isso não causaria um aumento no tempo de CPU para se livrar dele, apenas causaria um pico no sistema iowait%
em todo o sistema, uma vez que estaria indo para o disco.
O fato de você não estar vendo nenhum processo no estado D depois de desativar o APC provavelmente indica que o armazenamento em cache foi desnecessário. Eu verificaria a saída de iostat
e o iowait%
no comando top
para ver quanta atividade de disco realmente está ocorrendo.