Você pode adicionar um item em ~/.config/autostart
,
Por exemplo, abra ~/.config/autostart/myscript.desktop
e cole o seguinte conteúdo
[Desktop Entry]
Name=MyScript
GenericName=A descriptive name
Comment=Some description about your script
Exec=/path/to/my/script.sh
Terminal=false
Type=Application
X-GNOME-Autostart-enabled=true
E verifique se o script é executável.