Um "dispositivo usb" geralmente contém algum sistema de arquivos FAT (windows), que não sabe sobre usuários e permissões. Se você mover um arquivo do diretório home para o dispositivo usb, o arquivo perderá todas as informações sobre o proprietário e as permissões corretas. Se você copiá-lo de volta para o seu diretório pessoal, ele receberá um proprietário e uma permissão "aleatórios". Os arquivos provavelmente pertencem ao root agora.
Uma maneira de definir tudo de volta é restaurar seu backup mais recente. - se você tiver um.
Como alternativa, você pode corrigi-lo manualmente. Você deve conseguir consertar o proprietário com sudo chown -R $USER /home/$USER/ . Isso já deve ser o suficiente para fazer login novamente.
Então provavelmente ainda há permissons de bugs. (Lotes de x ao fazer ls -l .) Você pode usar chmod para consertá-los. A melhor coisa que você provavelmente pode fazer é find ~ -type f -exec chmod a-x {} \; para corrigir a maioria das permissões.