A SMART não remapeia setores, apenas detecta e registra erros. Os setores defeituosos são remapeados automaticamente quando gravados. Você pode fazer isso com dd ou hdparm --write-sector .
Se a sua unidade não puder fazer o remapeamento do setor porque ficou sem setores de reserva, você deve estar um passo antes do pânico.
Remapeando-os no sistema de arquivos não faz muito sentido.
Se hdparm -t /dev/sdb lhe der resultados razoáveis, você poderá executar badblocks sozinho (com -s ) para verificar se é mais rápido se for executado diretamente e executá-lo através de strace se não for mais rápido para obter uma impressão de onde o problema de desempenho é resultado.
Talvez existam certas áreas no disco que causam muitas tentativas de leitura.