Não sei qual outro arquivo está definindo seu $PATH , mas as entradas duplicadas são
/opt/X11/bin
/usr/bin
/usr/local/bin
/usr/sbin
Tudo isso está definido no seu ~/.zshrc , então tudo que você precisa fazer não é defini-los lá. Em qualquer caso, todos devem estar no padrão $PATH e não há necessidade de adicioná-los. A maioria dos sistemas vem com um $PATH padrão que incluirá esses diretórios, adições feitas nos arquivos ~/.zshrc dos usuários devem apenas adicionar diretórios não padrão.
Altere sua declaração $PATH para
export PATH=/usr/local/sbin:/usr/local/share/npm/bin:/usr/local/share/python:$HOME/.rvm/bin:$PATH