Não sou especialista nisso, mas sugiro que primeiro verifique se gdm é realmente seu gerenciador de exibição atual e se você está usando o arquivo correto: verifique a saída de cat /etc/sysconfig/desktop e dê uma olhada se existem outros arquivos .conf em /etc/gdm/ . Talvez tentando renomear o arquivo para gdm.conf .
Além disso, você tentou soluções GUI ou você precisa de algo que pode ser feito a partir da linha de comando? Você deve ser capaz de configurar gdm com sudo gdmsetup .