Provavelmente, você tem hardware ruim. Seus CD-Rs provavelmente de baixa qualidade ou defeituosos fabricados, mas também podem ser um drive defeituoso (seja a unidade de leitura ou a unidade de gravação, se eles forem diferentes).
Você não está percebendo isso com os discos de áudio (suponho que você esteja falando de CD-DA, como nos discos que você coloca em um CD player comum) porque os players são projetados para detectar e ocultar pequenas corrupções na trilha sonora. Se você copiou novamente os discos e comparou com o áudio original, encontrou erros.
Por outro lado, os arquivos compactados são extremamente sensíveis à corrupção, então você os percebe.
Eu começaria comprando um novo espaço em branco, de uma empresa diferente (ou pelo menos lote de produção). Um tempo atrás, os espaços em branco de Taiyo Yuden foram considerados os melhores, mas não tenho certeza se eles ainda são.