Acabei de usar este comando para capturar minha área de trabalho e adicionei o mouse ao vídeo capturado:
$ ffmpeg -f x11grab -r 25 -s 1280x800 -i :0.0 -sameq out.mp4
Seu comando exato não funcionou para mim, em termos de capturar qualquer vídeo, mas essa versão ligeiramente modificada funcionou, e também foi possível capturar meu mouse.
$ ffmpeg -f alsa -ac 2 -i pulse -f x11grab -r 25 -s 1280x800 -i :0.0 \
-acodec pcm_s16le output.mkv