O Emacs rola por linhas de tela que não são físicas, portanto, se uma linha física ocupa duas linhas de tela (devido à volta) em uma janela e ocupa apenas uma linha na outra janela (devido a essa janela ser mais larga), você rolar as janelas juntas elas ficarão fora de sincronia. Se é isso que está acontecendo com você, você pode corrigir o problema com
(setq truncado-parcial-largura-janelas t)
Isso desativa o wraparound quando você divide um quadro do Emacs no meio, de modo que as linhas físicas ocuparão uma linha de tela nas duas janelas.