Faça o seguinte
vim /home/<username>/.gconf/apps/panel/toplevels/bottom_panel/%gconf.xml
ou
vim /home/<username>/.gconf/apps/panel/toplevels/top_panel/%gconf.xml
Se você renomeou seu painel, altere top_panel ou bottom_panel de acordo.
Procure orientation seção
<entry name="orientation" mtime="1356417211" type="string">
<stringvalue>bottom</stringvalue>
</entry>
Altere bottom para top , left ou right .